木造賃貸住宅で１階を貸したまま、２階をリフォームできますか？

２Ｋ×２戸の木造重ね建ての３０年以上の老朽化賃貸住宅です。

今回２階の１戸が空家。賃貸募集するには、老朽化が激しく内部、外壁、屋根全部工事する必要がありそうです。
既存違反建築物なので、建て替えはまったく不可能です。
また１戸は退去の予定がないため、１階入居中のなか工事を行う必要があります。工事業者の選び方、どんな工事を依頼したらいいか、再建築不可なので、柱だけのこして全面改築して長く賃貸できるように工事したいのですが。
入居者を退去させる前提なら柱だけ残して建て替えでなくぎりぎりリフォームということで実質上の新築建物の建築にすることが可能だと思いますが、入居者を入居のままを前提とした場合のお知恵をお願いします。